Introduksi Biomolekular

DNA & EKSPRESI GEN

–         Organisme multi seluler memiliki struktur & fungsi yang berbeda.

–         Setiap sel mengandung genome yg sama à contoh sel neuron & sel limfosit mamalia sangatlah berbeda, namun keduanya mngandung genom yg sama.

–         DNA : Asam deksiribonukleat à bagian dari gen yg dpt dibaca

–         Control ekspresi gen pada level gen:

  1. Transcriptional control
  2. RNA processing control
  3. Translation control
  4. Protein activity control

–         DNA  adl rangkaian dari deoksiribonukleat membentuk kromatin.

–         DNA ~ genome : manusia mempunyai genome yg terdapat di inti (nukleus) dan mitokondria. Gen di mitokondria blm teratur sdgkan di nucleus sdh teratur.

–         Central dogma :

Gen

?

mRNA

?

Protein (struktur, dinamik)

Struktur Gen

  1. Exon à yg membawa kodon(kode yg dpt dibaca)
  2. Intron à yg membawa kode yg tidak bias dibaca
  3. Peomoter à utk proses transkripsi : ACGT –mjd btk RNA oleh enzim RNA polymerase

* GEN

*Gen Regulator

Maturasi  mRNA :

  1. Capping

Tujuan capping :

–         Beda dgn hasil transkripsi polymerase 1 & 3

–         Mudah diikat dgn CBC

–         Membantu proses translasi

  1. Polidenilation
  2. Splicing

–         menghilangkan sekuens intron

code Universal code -Human mitochondrial Codon
UGA Stop Trp
AGA Stop Arg
AGG Arg Stop
AUA Ile Met

–         consensus sequence:

  1. mRNA transport/export

–         highly selective

–         complete and in packed mRNA

Kode Genetik

* Sintesis Protein :

  1. Transkripsi
  2. Translasi

GENOME MITOKONDRIAL

–         Genome Mitokondria manusia mengandung:

  1. DNA (16.569 base pairs of DNA)
  2. terorganisasi scr sirklar tertutup

–         Mengkode:

  1. 2 ribosomal RNA (rRNA)
  2. 2. 22 transfer RNA (tRNA)
  3. 3. 13 polipeptida

–         13 polipeptida membentuk protein :

  1. membrane dlm mitokondria
  2. 2. 7 subunit NADH dehydrogenase
  3. 3. 3 subunit sitokrom c-oksidase
  4. 4. 2 subunit ATP sintase
  5. 5. sitokrom-b

Perbedaan Kodon Gena Umum & Mitokondria

Mutasi Gen :

Jenis Mutasi :

  1. Substitusi basa tunggal

–         Transversi : basa pirimidin à basa purin atau sebaliknya

–         Basa pirimidin à basa pirimidin yg

lain

à Basa purin yg lain

  1. Delesi : kehilangan nukleotida
  2. Insersi : penambahan / sisipan nuklleotida
  3. Duplikasi : penggandaan nukleotida

Letak Mutasi :

Regulator (promoter), splice junction, coding sequence, didlm intron hot spot.

Hubungan genotip-fenotip mutasi gen:

–         nonsense à stop kodon/ terminasi premature

–         Missense à menghasilkan kodon yg berubah à protein abnormal atau normal polimorfiosme

–         Frameshift à susunan kodon rusak

–         Inframe à susunan kodon terjaga (bias bertambah/berkurang pjgnya)

–         Silence à Kodon berubah tetapi as. Amino

Lokasi Mutasi  (gambar slide 47)

KONSEP DASAR FRAMESHIFT

the  bad  and  old  dog  eat  the  fat  cat

–         Delesi/insersi nukleotid tidak kelipatan 3:

the  bad  and  old  dog  ate  the  fat  cat

?

the ada ndo ldd oga tet hef atc atàDMD

–         Delesi/insersi nukleotid kelipatan 3:

the  bad  and  old  dog  ate  the  fat  cat

?

bad and old dog ate the fat catàBMD

INTRODUCTION TO CELLS

(RNS 030309)

4 Jaringan dasar yang ada di system tubuh kita :

–         Jaringan ikat

–         Jaringan epitel

–         Jaringan saraf

–         Jaringan otot

à Jaringan dibentuk oleh sel dan matrix ekstraseluler

à Epitel : selnya banyak matriks ekstra selulernya dikit

à Sel : unit terkecil pada tubuh kita

à Dalam sel ada organela-organela yang didukung o/ molekul2.

Sel dibagi 2:

  1. Eukariotik à ada sel dan membran inti, ada organella
  2. Prokariotik à tidak dibatasi o/ membran inti, tidak ada organella, DNAnya sirkeler (tidak adsa ujung2nya)

Fungsi-Fungsi

–         Lisosom:

–         Mitokondria

–         RE

–         Peroksisom

–         App. Golgi

–         Membran : terdiri dari 2 lapisan fosfolippid yg diantaranya terdapt protein2. Sebagai pembatas sel2 di tubuh kita agar tidak sembarang bahan bisa keluar masuk shg suasana u/ metabolisme tetap terjaga.

–         Fosfolipid ada 2 bentuk : hidrofilik dan hidrofobik

–         Sphingomielin : merupakan bhn pembentuk fosfolipid u/ membran sel

–         Myelin : membran plasma dari sel oligodendritik.

Passive Difussion

–         fosfolipid bisa ditembus semua bhn yg larut : gas, lemak2, kecuali air

–         Arahnya : tergantung dari derajat konsentrasinya

–         Glukosa, asam amino tidak larut dlm lemak sehingga tdk dpt menembus membran sel à maka dibantu oleh protein2 carrier à disebut difusi ysng difasilitasi à arah alirannya tergantung derajat konsentrasinya (dari yg banyak ke yg sedikit).

–         Tp dgn adanya ATP maka arah alirandpt dilawan à aktif transpor

–         NaK ATPase à memompa Na dari dlm keluar dan memompa K dari luar ke dlm.

–         Na à lebih byk di ekstraseluler dibanding di intraseluler

–         K à lebih banyakdi intraseluler

MOLECULAR BIOLOGY OF TROPICAL INFECTIOUS DISEASE

(TW 160309)

Patogen: Bakteri, virus, jamur, parasit, protozoa, virion (hanya terdiri dari 1 AA tp bias menimbulkan penyakit)

Amoxicillin

à menghambat pembentukan peptoglikan (dinding sel bakteri)

à manusia tidak punya pepttoglikan

Ada bakteri yg mempunyai enzim beta laktamase yg dpt di non aktifkan o/ penicillin

Perbedaan :

Eukariot

–         ada inti sel à dgn membrane inti  mirip membrane sel

–         ada organela

–         Linier

–         mitokokdria

Prokaryote

–         Tidakl ada inti tp kondensasi kromosom

–         Tidak ada membrane inti

–         Ada ribosom

–         Tidak ada organelle

–         Punya alat gerak dilihat 1000 x

–         Plasmid (mirip mitokondria)

–         Moleculary sirkuler

Genom à keseluruhan rangkaian DNA dlm satu individu (kromosom 1 – 22 & kromosom sex)

DNA ada di:

  1. Di kromosom
  2. di mitokondria

à DNA ada di kepala sperma sehinga diturunkan, jika mitokondria tidak ikut membuahi jadi tidak diturunkan ke anak.

à semua sel di tubuh mempunyai DNA yg sama tapi beda ekspresinya

DNA : harddisk

Gena : Datanya

à Jagung DNA lebih besar dari manusia tp byk yg tdk ada artinya sebaliknya pd manusia.

à pd eukaryote à genanya 1 tp bias memproduksi berbagai macam protein

à Distropain à mengandung 79 exon paling panjang diantara sel manusia yg lain.

à Sebagian besar prokariot mempunyai 1 molekul

Sedangkan pd prokariot prosesnya sama dgn eukariot tp tidak ada proses splicing tp sudah tersusun rapi.

KESIMPULAN:

–         DNA eukariot dan prokariot sama cuna beda dlm hal :

  1. pengorganisasian (DNA prokaryote srkuler dan diplintir mjd supercoil). Eksprtesinya à sam2 transkripsi tp ada proses yg beda pada prokaryote ada mekanisme openon system
  2. tdk ada splicing pd prokaryote shg tdk pernah mengenal alternative splicing à 1 gena u/ bermacam2 protrein
  3. Tidak ada bekteri yang sama yg punya mekanisme on dan off yg sama pd 1 sel

VIRUS

Struktur:

–         Genom virus : bias RNA/ DNA

–         Spike projection : lipoprotein

–         Lipid envelope

–         Kapsid

–         Ada single/ double strand (terdiri dari positif strand = yg dibaur sam dgn mRNA dan negative strand = blawade)

Replikasi DNA genom

DNA virus

Type I. ds DNA à ds DNA

Type II. DNA + à ds DNA jadi DNA + dan DNA–

Type VI (retrovirus)

+ RNA  à – DNA à + ds DNA à + RNA

Type VII ds DNA + à RNA + à – DNA à ds DNA

Jamur

–         mrpkn eukaryote

–         ddg sel yg jauh berbeda

–         membrane sel : ergosterol (target yg gol azol)

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s

%d bloggers like this: